Ο Αλέκος Παναγούλης στις 13 Αυγούστου 1968 αποπειράθηκε να δολοφονήσει τον δικτάτορα Γεώργιο Παπαδόπουλο, συνελήφθη και βασανίσθηκε απάνθρωπα.
Μετά το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου πέρασε αμέσως στην παράνομη δράση κατά της χούντας των συνταγματαρχών, αφού πρώτα λιποτάκτησε (27 Μαΐου) από το στρατό, όπου υπηρετούσε τη θητεία του.
Τον ακολούθησε τον Αύγουστο και ο αδελφός του Γεώργιος Παναγούλης, υπολοχαγός των ΛΟΚ, ο οποίος κατέφυγε στο Ισραήλ, συνελήφθη κι εκδόθηκε στην Ελλάδα, αλλά κατά τη διάρκεια της μεταφοράς του στην Ελλάδα με πλοίο, χάθηκαν τα ίχνη του και από τότε θεωρείται αγνοούμενος.
Στις 17 Νοεμβρίου 1968 καταδικάσθηκε σε θάνατο από το Στρατοδικείο Αθηνών και σε ποινές φυλάκισης 11 συγκατηγορούμενοί του, μέλη της οργάνωσης «Εθνική Αντίσταση».
Η θανατική ποινή δεν εκτελέστηκε, χάρη στην κινητοποίηση της διεθνούς κοινής γνώμης (διαμαρτυρίες κομμάτων και οργανώσεων, λαϊκές συγκεντρώσεις διαμαρτυρίας σε όλο τον κόσμο, διαβήματα κυβερνήσεων, εκκλήσεις προσωπικοτήτων όπως του Πάπα Παύλου του 6ου και του γενικού γραμματέα του ΟΗΕ Ου Θαντ).
Παρέμεινε, ωστόσο, για πέντε χρόνια έγκλειστος στις στρατιωτικές φυλακές Μπογιατίου.
Στις 5 Ιουνίου 1969 δραπέτευσε μαζί με τον δεσμοφύλακά του Γιώργο Μωράκη, αλλά συνελήφθη μετά τρεις ημέρες, προδομένος από έναν εξάδελφό του, ο οποίος εισέπραξε την αμοιβή της επικήρυξής του.
Κλείστηκε στην απομόνωση στις φυλακές Μπογιατίου, απ’ όπου επιχείρησε ακόμη δύο φορές να δραπετεύσει, δείχνοντας έτσι τις ακατάλυτες δυνάμεις που έκρυβε μέσα του.
Η περήφανη και ασυμβίβαστη στάση του έναντι στους στρατοδίκες της χούντας και τους βασανιστές του τον ανέδειξαν σε ηρωική μορφή τού αντιδικτατορικού αγώνα.
Ο ηρωισμός του και η ανδρεία του αναγνωρίστηκαν και από τους ίδιους τους βασανιστές του.
Τον Αύγουστο του 1973, στο πλαίσιο των μέτρων φιλελευθεροποίησης του δικτατορικού καθεστώτος, επωφελήθηκε της γενικής αμνηστίας που χορηγήθηκε στους πολιτικούς κρατούμενους και αυτοεξορίστηκε στη Φλωρεντία, όπου φιλοξενήθηκε από τη σύντροφο και βιογράφο του Οριάνα Φαλάτσι.
Την Πρωτομαγιά του 1976 βρήκε τραγικό θάνατο κάτω από μυστηριώδεις συνθήκες στη Λεωφόρο Βουλιαγμένης, στο ύψος του Αγίου Δημητρίου, όταν το αυτοκίνητο που
οδηγούσε εξετράπη της πορείας του κι έπεσε σ’ ένα υπόγειο κατάστημα.
Ο Τύπος της εποχής έγραψε ότι κάποιοι ήθελαν να τον βγάλουν από τη μέση, επειδή είχε στην κατοχή του απόρρητα έγγραφα της δικτατορίας που έδειχναν τις σχέσεις γνωστών πολιτικών προσώπων της μεταπολιτευτικής περιόδου με τη δικτατορία.
Τίποτα, όμως, δεν αποδείχθηκε και τα δημοσιεύματα παρέμειναν στο επίπεδο της εικασίας.
